弘光元年（1645年）五月，鞑军占领南都，福王被俘，弘光政权覆灭。接着江南苏松所属各城镇先后被鞑军占领。同年四月，唐王朱聿键即位于福州，年号隆武，唐王居南yAn（今河南省南yAn市）时，素知腾蛟贤，委以重任，加腾蛟督师的官衔。
这年四月，李自成通山兵败遇难，农民叛军残余部分别由郝摇旗、刘T仁、袁宗第及李锦、高一功等领导。共约四五十万人，向荆襄进发。这时的农民叛军x1取了北京之败的教训，纪律严明，得到当地人民的拥护。他们骤然失去主帅，认识到大敌当前，应该摒弃前嫌，联合明朝政府军共同抗御鞑军。农民军由岳州（湖南省岳yAn市）到湘Y（岳yAn市湘Y），节节向南移动，距长沙百余里，不与明军争锋，并通知明军，愿归顺何腾蛟统帅。表示希望彼此团结，共御强敌。何腾蛟便派部将万大鹏带领数骑前往郝摇旗营中商量合作条件。郝摇旗大喜，便带领五万农民军至长沙。腾蛟开诚抚慰，宴饮尽欢，并镐赏官牛酒。摇旗便召集袁宗第、蔺养成、牛有勇等率农民军来归。腾蛟兵力骤增十余万，声威大震。
不久，李锦、高一功拥众数十万b常德（湖南省常德市），腾蛟令堵胤锡接纳，安置在荆州。李锦从此一心跟随腾蛟，农民数十万大军悉归腾蛟节制。后又有明将卢鼎、马进忠、王允成等部亦听命于腾蛟。诸军汇集，号称百万。唐王立拜腾蛟为东阁大学士兼兵部尚书，封定兴伯，总督豫、楚、秦、蜀、粤军务，仍督师。并饬令先收复江西，然后收复南部。何腾蛟指挥农民军约十万余人，驻湖广南各地，担负起抗御鞑军进攻的重任。在湖广北部的李锦、高一功所带领的18营30多万人，改名忠贞营，归堵胤锡管辖。何腾蛟把这些农民军略加改编，仍由原来的农民军将领统率，分别驻扎湖广荆襄一带，总号十三镇，即人们所称道的荆襄十三家军。他们不久又和川东各地农民军紧密地联系，发展而为夔东十三家军，在抗清战争中牵制了相当数量的鞑军兵力。
荆襄十三家军与明军联合后，明军的声势突然强大，隆武二年（1646年）春天，伪清政府派兵进攻湖广，何腾蛟领大军由长沙出发，大败鞑军于岳州，不就在藤溪、湘Y等地打了几次胜仗，使鞑军一时不能再向南侵入，隆武政权在福州得以从容立国。
何腾蛟镇守长沙三年，军纪严明，兵将不敢违抗。当时瘟疫流行，他“吊Si问孤”、“博施劝谕”，百姓暂时得到复苏。而他自己吃粗粮、野菜，穿补缀的衣服。当时军饷不足，他委任章旷创办义饷，增加地租，预征两年军粮，查抄富户财产，开设铸局铸钱，cH0U盐税等以资助军饷。难能可贵的是在兵荒马乱中修建文场，开科取士，使两湖之地，不废弦歌，政局得以暂时稳定。
隆武二年（1646年）八月，隆武帝及皇后在汀州不幸被鞑军所俘，Si于福州（又说被SSi在汀州大堂上）。消息传来，腾蛟大为悲伤。厉兵保境如平时。
当隆武帝殉国的消息传到梧州（广西梧州市），广西巡抚瞿式耜等立即返回肇庆拥立桂王朱由榔即位，改年号永历，拜腾蛟为武英殿大学士，加太子太保（负责保护东g0ng殿下之职）。当时，王进才守益yAn（今湖南省益yAn市），闻鞑军渐b，退出益yAn，还守长沙。这时腾蛟处境十分困难。
永历元年（1647年）二月，鞑兵b广东，桂王自肇庆逃到梧州，鞑军迅速攻下梧州，桂王再奔至桂林。这时只有大学士瞿式耜坚守桂林，顽强抵抗，桂林才得以保全。当时湖湘一带，总督何腾蛟的部将及率领的荆襄十三家军与鞑军顽强的战斗起到了前卫作用。
这时，怀有野心的武冈总兵官刘承胤挟持桂王由桂林出走到全州（今桂林市全州县），三月到武冈，由瞿式耜留守桂林。当时狗汉J孔有德率领鞑军大举进攻长沙，马进忠、王进才等纷纷溃退。何腾蛟势孤，单骑走衡州（湖南省衡yAn市）。长沙、湘Y俱失，五月腾蛟至永州（湖南省永州市），不久，退守白牙市（永州市东安县白牙市镇）。
八月十三日，鞑兵破武冈，刘承胤以城降。桂王携带官眷奔靖州（今湖南省靖州苗族侗族自治县），九月返桂林。而城中只有焦琏一军，腾蛟虑势孤，率赵印选、胡一青入城相助。正危急时，南安侯郝摇旗忽拥众万余至，上下震动。摇旗与焦琏部将角斗，恰逢卢鼎亦带兵至。腾蛟从中调解，使桂林得以安定。于是腾蛟派遣焦琏、郝摇旗、卢鼎、赵印选、胡一青各营分别守兴安、灵川（桂林市灵川县）、义宁（江西省九江市修水县义宁镇）诸州县，兵势稍振。
十一月，鞑兵b全州，腾蛟督五将共同御敌，亲自到营溶江口。次年二月，鞑军由湖广南席卷而下，占领全州、兴安。郝摇旗败走桂林，挟桂王走柳州又奔南宁。三月，腾蛟在永宁闻讯，重返桂林。四月初六，腾蛟督焦琏、胡一青等分三门拒守，腾蛟率诸军鏖战，居中指挥。胡一青率将士，挥戟冲锋陷阵，叱咤撼山岳，鞑军被击退。腾蛟尾随至岩关，身先士卒，大战于兴安的三里桥。鞑军列阵塘铺营，漫布山谷，以四GU侵入，腾蛟命赵印选率五司将士奋勇当先，多有斩获。直至酉刻（下午五点至晚七点），胡一青仍率部继续战斗，至三里桥，诸将踊跃，无不以一当百，鞑军再退至兴安。初八日，腾蛟督诸将前至凤凰坪距三里许与鞑军大战于松林。鞑军伏兵Pa0声隆隆。腾蛟令四路出击，命赵印选、胡一青率诸标镇往来冲杀，鏖战良久，望之如在奔雷急电之中。标镇周金汤、熊朝佐奉令从凤凰坪左山横击，鞑军大败，Si者山积，鸾桥（桂林境内）之水为之不流。十六日，鞑军退走。
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